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Enregistrement W1543265917 · doi:10.1002/jcb.24583

Divergent regulation of the<i>Osteopontin</i>promoter by the estrogen receptor-related receptors is isoform- and cell context dependent

2013· article· en· W1543265917 sur OpenAlexafffund
Ralph Zirngibl, Jonathan Chan, Jane E. Aubin

Notice bibliographique

RevueJournal of Cellular Biochemistry · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEstrogen and related hormone effects
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésPromoterGene isoformMolecular biologyBiologyAP-1 transcription factorTranscription factorRepressorContext (archaeology)Transcription (linguistics)Activator (genetics)ReceptorBinding siteGeneCell biologyGene expressionGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We sought to determine whether the estrogen receptor-related receptor gamma (mEsrrg) regulated the Osteopontin (Opn) promoter through the same AP1/CAAT box element that we have previously described for mEsrra. In HeLa cells mEsrrg used an additional site present in the 5'UTR, while in ROS17/2.8 cells the AP1/CAAT site was not used, but a completely novel site surrounding the transcription start site was used. We also find that in ROS17/2.8 cells mEsrra repressed, while mEsrrg activated the Opn promoter. None of the sites identified conform to established Esrr response elements (ERREs). Additionally, the two reported mEsrrg protein isoforms showed differences in their activation potential. Mutations in the activation function 2 (AF2) of mEsrra, predicted to abolish activation, surprisingly turned mEsrra into a better activator. In contrast, similar AF2 mutations in Esrrg2 abolished its ability to activate the Opn promoter. Mutation of the DNA binding domain of mEsrra/g2 abolished transcriptional activity in HeLa and ROS17/2.8 cells. Our data indicate, first, that the two Esrr isoforms regulate Opn in a cell context-dependent manner. Second, they suggest that although the DNA binding domains of mEsrra and mEsrrg are 93% identical and required for regulation, the receptors bind to distinct Opn promoter elements, suggesting that the two isoforms may co-regulate Opn, and perhaps other genes, without competing for the same site in the promoter. Finally, the results suggest that each isoform interacts differently with co-activators and co-repressors, as highlighted by the AF2 mutation that turns mEsrra into a better activator but abolishes activity of Esrrg2.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,013
Score d'incertitude au seuil0,514

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,002
Tête enseignante GPT0,170
Écart entre enseignants0,168 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2013
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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