The use of FTA cards for preserving unfixed cytological material for high‐throughput molecular analysis
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Novel high-throughput molecular technologies have made the collection and storage of cells and small tissue specimens a critical issue. The FTA card provides an alternative to cryopreservation for biobanking fresh unfixed cells. The current study compared the quality and integrity of the DNA obtained from 2 types of FTA cards (Classic and Elute) using 2 different extraction protocols ("Classic" and "Elute") and assessed the feasibility of performing multiplex mutational screening using fine-needle aspiration (FNA) biopsy samples. METHODS: Residual material from 42 FNA biopsies was collected in the cards (21 Classic and 21 Elute cards). DNA was extracted using the Classic protocol for Classic cards and both protocols for Elute cards. Polymerase chain reaction for p53 (1.5 kilobase) and CARD11 (500 base pair) was performed to assess DNA integrity. RESULTS: Successful p53 amplification was achieved in 95.2% of the samples from the Classic cards and in 80.9% of the samples from the Elute cards using the Classic protocol and 28.5% using the Elute protocol (P = .001). All samples (both cards) could be amplified for CARD11. There was no significant difference in the DNA concentration or 260/280 purity ratio when the 2 types of cards were compared. Five samples were also successfully analyzed by multiplex MassARRAY spectrometry, with a mutation in KRAS found in 1 case. CONCLUSIONS: High molecular weight DNA was extracted from the cards in sufficient amounts and quality to perform high-throughput multiplex mutation assays. The results of the current study also suggest that FTA Classic cards preserve better DNA integrity for molecular applications compared with the FTA Elute cards.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».