Effect of genetic variation in the <i>MHC</i> Class II <i>DRB</i> region on resistance and susceptibility to Johne’s disease in endangered Indian Jamunapari goats
Notice bibliographique
Résumé
The pathogenesis of Johne's disease (JD), caused by Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP), is complex and has not been completely understood yet. In the present study, we analysed the polymorphism in the exon-2 of the caprine major histocompatibility complex (MHC) Class II DRB region and its association with resistance or susceptibility to JD. A total of 203 Jamunapari goats, which is an Indian endangered breed highly susceptible to JD, kept at a single farm were studied. On the basis of clinical signs, microscopic examination, faecal culture, ELISA and diagnostic PCR, 60 and 143 goats were classified as resistant and susceptible to JD, respectively. PCR-based restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) with two enzymes, PstI and TaqI, was used to assess variation in the DRB gene(s) in all 203 goats studied. Two di-allelic single nucleotide polymorphisms (SNPs), here referred as 'P' and 'T', were tested. In each of them, three genotypes were found in the group analysed. The minimum allele frequencies (MAFs) were 0.233 and 0.486 for the P and T SNPs, respectively. Statistically significant associations between alleles, individual genotypes and composed genotypes of both SNPs were found. The frequency of p and t alleles, of individual pp and tt and of composed pptt genotypes were significantly higher (P(corr) < 0.001) in the 'resistant' group as compared to the 'susceptible' group, while the P and T alleles were associated with susceptibility (P(corr) < 0.001). In heterozygous genotypes, susceptibility was dominant over resistance. The effects of both SNP on resistance and susceptibility were comparable and composed heterozygous genotypes showed intermediate levels of susceptibility in terms of the odds ratio and P-values calculated.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».