3D imaging, registration, and analysis of the early mouse embryonic vasculature
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Cardiovascular development requires the input of a large number of molecular signaling molecules, and undergoes tightly regulated, three-dimensional developmental patterning. Conventional developmental biology techniques have successfully identified many of the signaling cascades and molecular cues necessary for proper cardiovascular development, which has furnished us with a wealth of biochemical, molecular, and biologically functional information on how tightly linked cardiac and vascular development are. Still missing, however, is a genuine appreciation of the three-dimensional (3D) nature of these important developmental steps. RESULTS: Optical projection tomography (OPT) is a 3D imaging technique that allows for high-resolution imaging of early mouse embryos and their developing cardiovascular systems when a PECAM-1 antibody stain is used to highlight the vascular branching. Reported here is a method in which several 3D images of mouse embryo vasculatures can be registered, thus allowing for analysis of within-strain variance between genetically identical mouse pups. Post-registration, small differences in somitogenesis and ventricular trabeculation patterning can be visualized in mouse pups that differ by as little as a few hours of gestational time. Additionally, similarity metrics (cross-correlation values) can be calculated to quantify similarities and differences. Two different mouse strains are analyzed (C57Bl/6 and CD-1), and similar results are recognized in each strain. CONCLUSIONS: Visualizing the cardiovascular system in such a precise 3D manner allows for more accuracy in describing the steps that take place during cardiovascular development. This novel method will be applicable to many developmental biology questions in other organ systems and other species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».