MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W1550109899 · doi:10.1111/mpp.12079

<i> <scp>R</scp> </i> <i>alstonia solanacearum</i> type <scp>III</scp> secretion system effector <scp>R</scp> ip36 induces a hypersensitive response in the nonhost wild eggplant <i> <scp>S</scp> </i> <i>olanum torvum</i>

2013· article· en· W1550109899 sur OpenAlexaff
Kamrun Nahar, Iyo Matsumoto, Fumiko Taguchi, Yoshishige Inagaki, Mikihiro Yamamoto, Kazuhiro Toyoda, Tomonori Shiraishi, Yuki Ichinose, Takafumi Mukaihara

Notice bibliographique

RevueMolecular Plant Pathology · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Pathogenic Bacteria Studies
Établissements canadiensInstitute for Biological Sciences
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésRalstonia solanacearumBiologyEffectorBacterial wiltHypersensitive responseMicrobiologyType three secretion systemMutantSecretionSolanaceaeAgrobacteriumProteaseBotanyMolecular biologyGeneCell biologyPathogenGeneticsPlant disease resistanceBiochemistryTransgene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Ralstonia solanacearum is a Gram-negative soil-borne bacterium that causes bacterial wilt disease in more than 200 plant species, including economically important Solanaceae species. In R. solanacearum, the hypersensitive response and pathogenicity (Hrp) type III secretion system is required for both the ability to induce the hypersensitive response (HR) in nonhost plants and pathogenicity in host plants. Recently, 72 effector genes, called rip (Ralstonia protein injected into plant cells), have been identified in R. solanacearum RS1000. RS1002, a spontaneous nalixidic acid-resistant derivative of RS1000, induced strong HR in the nonhost wild eggplant Solanum torvum in an Hrp-dependent manner. An Agrobacterium-mediated transient expression system revealed that Rip36, a putative Zn-dependent protease effector of R. solanacearum, induced HR in S. torvum. A mutation in the putative Zn-binding motif (E149A) completely abolished the ability to induce HR. In agreement with this result, the RS1002-derived Δrip36 and rip36E149A mutants lost the ability to induce HR in S. torvum. An E149A mutation had no effect on the translocation of Rip36 into plant cells. These results indicate that Rip36 is an avirulent factor that induces HR in S. torvum and that a putative Zn-dependent protease motif is essential for this activity.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,192
Écart entre enseignants0,182 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations56
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueMolecular Plant PathologyMême sujetPlant Pathogenic Bacteria StudiesTravaux en français237 207