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Enregistrement W1550329234 · doi:10.1111/j.1742-4658.2008.06659.x

Antimicrobial effects of H4‐(86–100), histogranin and related compounds – possible involvement of DNA gyrase

2008· article· en· W1550329234 sur OpenAlexaff
Simon Lemaire, Thuy‐Tiên Trinh, Hoang‐Thanh Le, Shun‐Chii Tang, Maxwell T. Hincke, Olivier Wellman‐Labadie, S. Ziai

Notice bibliographique

RevueFEBS Journal · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueAntimicrobial Peptides and Activities
Établissements canadiensUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDNA gyraseAntimicrobialEscherichia coliBacillus subtilisQuinoloneBiochemistryPeptideAntimicrobial peptidesBiologyDNABacteriaChemistryMicrobiologyAntibioticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Histone-derived antimicrobial peptides have been identified in various organisms from plants to humans. The rat histone H4 mRNA variants, H4-v.1 and rat histogranin (HNr) mRNAs, were recently reported to be involved in the synthesis of H4-(86-100) and its related peptide HNr, respectively. Herein, the two peptides were investigated for putative antimicrobial activity and found to inhibit growth of gram-negative (Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa) and gram-positive (Bacillus subtilis, Staphylococcus aureus) bacteria. Their inhibitory potencies in E. coli (LD(50): 3.48 and 4.34 microg x mL(-1)) are comparable to that of the antimicrobial peptide LL-37 (LD(50): 4.10 microg x mL(-1)). The antimicrobial activities of H4-(86-100) and HNr depend upon the integrity of the molecules, as precursors [H4-(84-102), pro-HNr] and fragments [bovine histogranin (HNb)-(1-13), HNb-(3-13), H4-(89-102) or OGP] are at least five times less potent than the parent peptides. Among various HN-like compounds, cyclo-(-Gly-pCl-Phe-Tyr-D-Arg) (compound 3) and N-5-guanidino pentanamide-(2R)-yl-2-N-(p-hydroxyphenylacetyl)-4-(p-chlorobenzoyl)-phenylene diamine (compound 8) display antimicrobial activities comparable to that of HNr. Interestingly, the antimicrobial activities of H4-(86-100), HNr and compound 3, like those of quinolone antibiotics acting as DNA gyrase poisons, are potentiated by ATP (1 mM) and coumermycin A1 (a DNA gyrase-linked ATPase inhibitor) and blocked by 2,4-dinitrophenol (DNP, an uncoupler of oxidative phosphorylation) and fluoroacetic acid (a metabolic poison). Finally, in vitro experiments indicate that H4-(86-100), HNr, compound 3 and compound 8, but not HNb-(1-13) or HNb-(3-13), inhibit DNA gyrase-mediated supercoiling of pBR322 DNA. These data indicate that the naturally occurring H4-(86-100) and HNr display antimicrobial effects that involve a modulation of ATP-dependent DNA gyrase.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,025
Score d'incertitude au seuil0,637

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,210
Écart entre enseignants0,200 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations20
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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