Critical biogeochemical functions in the subsurface are associated with bacteria from new phyla and little studied lineages
Notice bibliographique
Résumé
Nitrogen, sulfur and carbon fluxes in the terrestrial subsurface are determined by the intersecting activities of microbial community members, yet the organisms responsible are largely unknown. Metagenomic methods can identify organisms and functions, but genome recovery is often precluded by data complexity. To address this limitation, we developed subsampling assembly methods to re-construct high-quality draft genomes from complex samples. We applied these methods to evaluate the interlinked roles of the most abundant organisms in biogeochemical cycling in the aquifer sediment. Community proteomics confirmed these activities. The eight most abundant organisms belong to novel lineages, and two represent phyla with no previously sequenced genome. Four organisms are predicted to fix carbon via the Calvin-Benson-Bassham, Wood-Ljungdahl or 3-hydroxyproprionate/4-hydroxybutarate pathways. The profiled organisms are involved in the network of denitrification, dissimilatory nitrate reduction to ammonia, ammonia oxidation and sulfate reduction/oxidation, and require substrates supplied by other community members. An ammonium-oxidizing Thaumarchaeote is the most abundant community member, despite low ammonium concentrations in the groundwater. This organism likely benefits from two other relatively abundant organisms capable of producing ammonium from nitrate, which is abundant in the groundwater. Overall, dominant members of the microbial community are interconnected through exchange of geochemical resources.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».