<i>Citrobacter rodentium</i> Infection Alters Murine Colonic microRNA Signature
Notice bibliographique
Résumé
MicroRNAs (miRs) have been suggested to play a part in the interaction between pathogenic bacteria and host cells. Citrobacter rodentium is a murine pathogen causing transmissible colonic hyperplasia and colitis with similar pathogenicity as the foodborne enterohaemorrhagic Escherichia coli O157:H7 in humans. This study aimed to examine if colonic microRNA signature is altered during C. rodentium infection. C57Bl6/J male mice were randomized to C. rodentium ‐infected or control group, and sacrificed at the peak of infection (10 days post‐infection). Crypt hyperplasia and intestinal inflammation were confirmed by histology and in vivo permeability test. Colonic RNA was used to profile 578 miRs by NanoString technology. Statistics and hierarchical clustering were performed in R. Gene targets of the differentially expressed miRs were identified in silico by prediction algorithms and cross‐matching with experimentally verified targets databases. Ninety‐four miRs were differentially expressed (p<0.05), with 42 downregulated and 52 upregulated vs control (0.2‐8.6 fold), and infected samples clustered together and separately from the controls based on their expression profile. Many of these miRs, including miR‐21, miR‐148a, and miR‐152, are known to regulate barrier function, cell proliferation and inflammatory pathways. Moreover, prediction analysis revealed that globally gene targets are mainly involved in cell cycle and immune response. This study shows that C. rodentium infection alters the colonic microRNA signature; differentially expressed miRs may be involved in the pathogenicity mechanism and serve as targets of nutritional or therapeutic interventions. Funding: NSERC, JP Bickell Foundation, and NSERC Alexander Graham Bell Canada Graduate Scholarship
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».