Progress Determining the Mechanism of Segmental Duplication and Deletion in Axenfeld Rieger Phenotypes
Notice bibliographique
Résumé
PurposeTo identify the cause(s) of chromosome 6p25 segmental duplication and deletion, which result in a spectrum of Axenfeld Rieger phenotypes. MethodsArray Comparative Genome Hybridization (CGH) was undertaken to refine the location of breakpoints in segmental deletion (n=1) and duplication (n=5) pedigrees. Subsequently, long range PCR was performed to amplify breakpoint-spanning junctional fragments with sequencing and in silico analysis used to determine the genomic architecture of the junctional fragment and the region flanking the breakpoints. ResultsCGH accurately defined the extent of 6p25 segmental anomalies [deletion 1216 kb; duplications 474, 477.5 and 492kb]. A 1.2kb junctional fragment amplified in the deletion pedigree (n=5 affected) segregated with the clinical phenotype. The breakpoints lie within simple repeats with 368bp of novel sequence, comprising two 100% homologous motifs in head to tail orientation, inserted between them separated by a 13bp insert. Analyses of the segmental duplications are commencing. ConclusionsArray CGH represents a powerful technique to define the extent of chromosomal anomalies and facilitate analysis of the mechanism(s) that cause glaucoma-associated segmental duplications and deletions. The segmental deletion exhibits features of both homologous recombination and non-homologous end joining with an unusually large insert of DNA at the breakpoint. The variation in segmental duplication size indicates existence of a common causative mechanism and elucidation of this will clarify the etiology of a proportion of Axenfeld Rieger syndrome cases
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».