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Enregistrement W1553152598 · doi:10.1002/jms.3258

Mapping the glycation sites in the neoglycoconjugate from hexasaccharide antigen of <i>Vibrio cholerae</i>, serotype <i>Ogawa</i> and the recombinant tetanus toxin C‐fragment carrier

2013· article· en· W1553152598 sur OpenAlexaff
Farid Jahouh, Peng Xu, Willie F. Vann, Pavol Kováč, Joseph Banoub

Notice bibliographique

RevueJournal of Mass Spectrometry · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueVibrio bacteria research studies
Établissements canadiensFisheries and Oceans CanadaMemorial University of Newfoundland
Organismes subventionnairesNational Institutes of Health
Mots-clésChemistryVibrio choleraeGlycationCholera toxinRecombinant DNAToxinBiochemistryStereochemistryChromatographyMicrobiologyBacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We report herein the glycation sites in a vaccine candidate for cholera formed by conjugation of the synthetic hexasaccharide fragment of the O-specific polysaccharide of Vibrio cholerae, serotype Ogawa, to the recombinant tetanus toxin C-fragment (rTT-Hc) carrier. Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry analysis of the vaccine revealed that it is composed of a mixture of neoglycoconjugates with carbohydrate : protein ratios of 1.9 : 1, 3.0 : 1, 4.0 : 1, 4.9 : 1, 5.9 : 1, 6.9 : 1, 7.9 : 1 and 9.1 : 1. Liquid chromatography tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) analysis of the tryptic and GluC V8 digests allowed identification of 12 glycation sites in the carbohydrate-protein neoglycoconjugate vaccine. The glycation sites are located exclusively on lysine (Lys) residues and are listed as follows: Lys 22, Lys 61, Lys 145, Lys 239, Lys 278, Lys 318, Lys 331, Lys 353, Lys 378, Lys 389, Lys 396 and Lys 437. Based on the 3-D representation of the rTT-Hc protein, all the glycation sites correspond to lysines located at the outer surface of the protein.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,606
Score d'incertitude au seuil0,304

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,235
Écart entre enseignants0,221 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations14
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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