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Enregistrement W1559976981 · doi:10.1111/j.1462-2920.2008.01580.x

Widespread distribution of a unique marine protistan lineage

2008· article· en· W1559976981 sur OpenAlexaff
Marie L. Cuvelier, Alejandra Ortiz, Eunsoo Kim, Heike Moehlig, David E. Richardson, John F. Heidelberg, John M. Archibald, Alexandra Z. Worden

Notice bibliographique

RevueEnvironmental Microbiology · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtist diversity and phylogeny
Établissements canadiensDalhousie UniversityCanadian Institute for Advanced Research
Organismes subventionnairesUniversity of Pennsylvania
Mots-clésBiologyPhylogenetic treeLineage (genetic)PhylogeneticsPhylogenetic diversitySubtropicsTemperate climateProchlorococcusEcologyRibosomal RNAEvolutionary biologyZoologyGeneGeneticsSynechococcusCyanobacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Unicellular eukaryotes (protists) are key components of marine food webs, yet knowledge of their diversity, distributions and respective ecologies is limited. We investigated uncultured protists using 18S rRNA gene sequencing, phylogenetic analyses, specific fluorescence in situ hybridization (FISH) probes and other methods. Because few studies have been conducted in warm water systems, we focused on two Atlantic subtropical regions, the Sargasso Sea and the Florida Current. Cold temperate waters were also sampled. Gene sequences comprising a unique eukaryotic lineage, herein termed 'biliphytes', were identified in most samples, whether from high- (30 degrees C) or from low- (5 degrees C) temperature waters. Sequences within this uncultured group have previously been retrieved from high latitudes. Phylogenetic analyses suggest biliphytes are a sister group to the cryptophytes and katablepharids, although the relationship is not statistically supported. Bootstrap-supported subclades were delineated but coherence was not obvious with respect to geography or physicochemical parameters. Unlike results from the initial publication on these organisms (therein 'picobiliphytes'), we could not detect a nucleomorph, either visually, or by targeted primers. Phycobilin-like fluorescence associated with biliphyte-specific FISH-probed cells supports the hypothesis that they are photosynthetic. Our data indicate the biliphytes are nanoplanktonic in size, averaging 4.1 +/- 1.0 x 3.5 +/- 0.8 microm (+/-SD) for one probed group, and 3.5 +/- 0.9 x 3.0 +/- 0.9 microm (+/-SD) for another. We estimate biliphytes contributed 28 (+/-6)% of the phytoplanktonic biomass in tropical eddy-influenced surface waters. Given their broad thermal and geographic distribution, understanding the role these protists play in biogeochemical cycling within different habitats is essential.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,022
Score d'incertitude au seuil0,460

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,172
Écart entre enseignants0,168 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations58
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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