Changes in the synovial cell proteome induced by hypoxia
Notice bibliographique
Résumé
FLS were isolated from rheumatoid arthritis and osteoarthritis synovia obtained at the time of joint arthroplasty. Cells from passages 2–4 were cultured under normoxic and hypoxic conditions for variable time points prior to analysis. Total proteins found in whole-cell FLS lysates were separated on immobilized pH-gradient two-dimensional (2D) PAGE and stained with Coomassie blue. To date, the in-gel digests of > 300 protein spots have been analyzed using matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry. Spectra were analyzed using the Knexus automation client and the Profound search engine (Proteometrics Canada, Winnipeg, Manitoba, Canada). 2D gels from hypoxic and normoxic FLS were superimposed using image analysis software and were compared. Differences were identified, and were related to differences in the expressed genome demonstrated in a microarray experiment using the same cell lines and conditions. Under normoxic conditions, more than 300 proteins were fully characterized in the FLS lines. Of particular note, FLS intensely expressed uridine diphosphoglucose dehydrogenase, which is an enzyme needed for the synthesis of hyaluronic acid. Other proteins identified fell into the following groups: enzymatic, transcription and cell-cycle regulation, protein binding, cytoskeletal, extracellular matrix, heat shock, protein synthesis and assembly, and membrane channel. In comparing the proteome expressed under hypoxic conditions, most of the apparent differences were quantitative, with shifts in position suggestive of phosphorylation and glycosylation. The microarray data demonstrated a spectrum of known, as well as novel, hypothetical proteins that were regulated by hypoxia. Identification of these proteins in the 2D gels is currently underway. We demonstrate techniques used in the detailed exploration of the synovial proteome. These techniques are applied to the examination of the effects of hypoxic stimulation on FLS. Comparisons between the expressed proteome and genome provide novel insights into the response of FLS to hypoxia
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».