Evaluation of the Genetic Differences Between Two Subtypes of Campylobacter fetus (Fetus and Venerealis) in Canada
Notice bibliographique
Résumé
The pathogen Campylobacter fetus (CF) is classified into two subspecies, Campylobacter fetus subspecies fetus (CFF) and Campylobacter fetus subspecies venerealis (CFV). Even though CFF and CFV are genetically closely related, they exhibit differences in their host adaptation; CFF inhabits the gastrointestinal tract of both humans and several animal species, while classical CFV is specific to the bovine genital tract and is of particular concern with respect to international bovine trade regulation. Traditionally, differentiation between the two subspecies has been achieved using a limited number of biochemical tests but more rapid and definitive genetic methods of discrimination are desired. A recent study suggested that the presence of a genomic island only in CFV could discriminate between the two sub- species but this hypothesis could not be confirmed on a collection of isolates originating in Canada. To identify alternative gene targets that would support accurate subspecies discrimination, this study has applied several approaches including suppression subtractive hybridization and whole genome sequencing supplemented with optical mapping. A subtractive hybridization screen, using a well-characterized CFV isolate recovered during routine screening of bulls in an Artificial Insemination center in western Canada and that lacked much of the genomic island and a typical Canadian CFF isolate, yielded 50 clones; characterization of these clones by hybridization screening against selected CF isolates and by nucleotide sequence BLAST analysis identified three potentially CFV-specific clones that contained inserts originating from a second genomic island. Further screening using a larger CF sample set found that only Clone #35 was truly CFV-specific. Optical maps (NcoI digest) of the Canadian CFF and CFV isolates used for the subtractive hybridization showed that certain regions of these genomes were quite distinct from those of two reference strains. Whole genome sequencing of these two isolates identified two target genes (PICFV5_ORF548 and CFF_Feature #3) that appear to be selectively retained in the two subspecies. Screening of a collection of CF isolates by PCRs targeting these three loci (SSH_Clone #35, PICFV5_ORF548 and CFF_Feature #3) supported their use for subspecies discrimination. This work demonstrates the complex genomic diversity associated with these CF subtypes and the challenge posed by their discrimination using limited genetic loci.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».