Transcription‐linked kinases that regulate histone lysine methylation states
Notice bibliographique
Résumé
Histone lysine methylation is linked to transcriptional regulation and the control of epigenetic inheritance. Importantly, lysine residues can be mono‐, di‐, or trimethylated and it is thought that each methylation state may impart a unique biological function as suggested by the histone code hypothesis. Yet whether distinct lysine methylation states are under selective control is not known. To address this issue, we have used the methylation of histone H3 at K4 in budding yeast as a model to screen for factors that selectively regulate K4 methylation. In one screen, we uncovered the Bur1/2 cyclin‐dependent protein kinase as a specific regulator of K4 trimethylation. These studies also revealed that Bur1 regulates H2B monoubiquitylation, which was in good agreement with synthetic genetic array and transcription microarray analyses that revealed the Bur1 kinase to be functionally similar to the PAF, Rad6 and Set1 complexes. In a separate screen, we uncovered the RNA polymerase II CTD kinase Ctk1 as a specific regulator of K4 monomethylation. Surprisingly, we find K4 monomethylation occurs preferentially over the transcribed regions of genes and that the loss of K4 monomethylation in CTK1 deletion cells correlates with the spreading of K4 trimethylation from the 5′ end of genes to the 3′ end. These results uncover new roles for several transcription‐linked kinases and suggest that the different K4 methylation states play important, but distinct, roles in transcriptional regulation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».