VirB8: a conserved type IV secretion system assembly factor and drug targetThis paper is one of a selection of papers published in this Special Issue, entitled CSBMCB — Membrane Proteins in Health and Disease.
Notice bibliographique
Résumé
Type IV secretion systems are used by many gram-negative bacteria for the translocation of macromolecules (proteins, DNA, or DNA-protein complexes) across the cell envelope. Among them are many pathogens for which type IV secretion systems are essential virulence factors. Type IV secretion systems comprise 8-12 conserved proteins, which assemble into a complex spanning the inner and the outer membrane, and many assemble extracellular appendages, such as pili, which initiate contact with host and recipient cells followed by substrate translocation. VirB8 is an essential assembly factor for all type IV secretion systems. Biochemical, cell biological, genetic, and yeast two-hybrid analyses showed that VirB8 undergoes multiple interactions with other type IV secretion system components and that it directs polar assembly of the membrane-spanning complex in the model organism Agrobacterium tumefaciens. The availability of the VirB8 X-ray structure has enabled a detailed structure-function analysis, which identified sites for the binding of VirB4 and VirB10 and for self-interaction. Due to its multiple interactions, VirB8 is an excellent model for the analysis of assembly factors of multiprotein complexes. In addition, VirB8 is a possible target for drugs that target its protein-protein interactions, which would disarm bacteria by depriving them of their essential virulence functions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».