Differences in transcription levels among wild, domesticated, and hybrid Atlantic salmon (<i>Salmo salar</i>) from two environments
Notice bibliographique
Résumé
Escaped domesticated individuals can introduce disadvantageous traits into wild populations due to both adaptive differences between population ancestors and human-induced changes during domestication. In contrast to their domesticated counterparts, some endangered wild Atlantic salmon populations encounter during their marine stage large amounts of suspended sediments, which may act as a selective agent. We used microarrays to elucidate quantitative transcriptional differences between a domesticated salmon strain, a wild population and their first-generation hybrids during their marine life stage, to describe transcriptional responses to natural suspended sediments, and to test for adaptive genetic variation in plasticity relating to a history of natural exposure or nonexposure to suspended sediments. We identified 67 genes differing in transcription level among salmon groups. Among these genes, processes related to energy metabolism and ion homoeostasis were over-represented, while genes contributing to immunity and actin-/myosin-related processes were also involved in strain differentiation. Domestic-wild hybrids exhibited intermediate transcription patterns relative to their parents for two-thirds of all genes that differed between their parents; however, genes deviating from additivity tended to have similar levels to those expressed by the wild parent. Sediments induced increases in transcription levels of eight genes, some of which are known to contribute to external or intracellular damage mitigation. Although genetic variation in plasticity did not differ significantly between groups after correcting for multiple comparisons, two genes (metallothionein and glutathione reductase) tended to be more plastic in response to suspended sediments in wild and hybrid salmon, and merit further examination as candidate genes under natural selection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».