mRNA fluorescence in situ hybridization to determine overlapping gene expression in whole‐mount mouse embryos
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Whole-mount in situ hybridization (ISH) is a prevalent tool to examine the spatial distribution of gene transcripts in intact embryos. Chromogenic-based methods of signal development are commonly used in mouse embryos because of their high sensitivity. Fluorescence techniques, however, offer several advantages over chromogenic methods including the ability to visualize multiple signals in a specimen at once. RESULTS: We describe a procedure for fluorescence in situ hybridization (FISH) for whole mouse embryos up to embryonic day 13.5. We show that this approach successfully produces a bright expression signal for several genes, validating the procedure in multiple tissues. Further, we show that double FISH can be used to visualize the expression of two genes in a single embryo by determining that Hoxd13 and Shh are co-expressed in both the limb bud and the hindgut. Finally, we demonstrate that FISH can be paired with confocal microscopy to take optical sections of interior regions of the embryo. CONCLUSIONS: FISH is a valid alternative to chromogenic-based ISH for visualizing gene expression in whole mouse embryos. This work provides a framework to add additional fluorescence signals in the mouse such as visualizing both mRNA and protein by pairing the procedure with immunofluorescence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».