The historical biogeography of co‐evolution: emerging infectious diseases are evolutionary accidents waiting to happen
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Ecological fitting refers to interspecific associations characterized by ecologically specialized, yet phylogenetically conservative, resource utilization. During periods of biotic expansion, parasites and hosts may disperse from their areas of origin. In conjunction with ecological fitting, this sets the stage for host switching without evolving novel host utilization capabilities. This is the evolutionary basis of emerging infectious diseases (EIDs). Phylogenetic analysis for comparing trees (PACT) is a method developed to delineate both general and unique historically reticulated and non‐reticulated relationships among species and geographical areas, or among parasites and their hosts. PACT is based on ‘Assumption 0’, which states that all species and all hosts in each input phylogeny must be analysed without modification, and the final analysis must be logically consistent with all input data. Assumption 0 will be violated whenever a host or area has a reticulated history with respect to its parasites or species. PACT includes a Duplication Rule, by which hosts or areas are listed for each co‐evolutionary or biogeographical event affecting them, which satisfies Assumption 0 even if there are reticulations. PACT maximizes the search for general patterns by using Ockam's Razor – duplicate only enough to satisfy Assumption 0. PACT applied to the host and geographical distributions of members of two groups of parasitic helminths infecting anthropoid primates indicates a long and continuous association with those hosts. Nonetheless, c. 30% of the host associations are due to host switching. Only one of those involves non‐primate hosts, suggesting that most were constrained by resource requirements that are phylogenetically conservative among primates (ecological fitting). In addition, most of the host switches were associated with episodes of biotic expansion, also as predicted by the ecological fitting view of EIDs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,005 |
| Communication savante | 0,003 | 0,008 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».