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Enregistrement W1577203401 · doi:10.23860/diss-popolizio-thea-2015

INTEGRATING MOLECULAR AND TRADITIONAL SYSTEMATIC TECHNIQUES TO REDEFINE RED ALGAL (RHODOPHYTE) DIVERSITY IN THE BERMUDA ISLANDS

2015· dissertation· en· W1577203401 sur OpenAlexfundno aff
Thea R. Popolizio

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typedissertation
Langueen
DomaineEarth and Planetary Sciences
ThématiqueMarine and coastal plant biology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesOffice of Experimental Program to Stimulate Competitive ResearchU.S. Department of AgricultureNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaDivision of Ocean SciencesNational Oceanic and Atmospheric AdministrationNew Brunswick Innovation FoundationOntario Genomics InstituteOntario GenomicsGenome CanadaDana FoundationDivision of Environmental BiologyNational Science Foundation
Mots-clésBiodiversityBiologyTaxonomy (biology)Genetic diversityFlora (microbiology)AlgaeGeographyPhylogenetic treeEcologyPaleontology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Molecular-assisted alpha taxonomy (MAAT) is a groundbreaking methodology that combines molecular tools with traditional morphological investigations. From studies using these methods, researchers can determine whether specimens with different morphologies are actually one entity exhibiting high phenotypic plasticity or are multiple genetic species with convergent morphologies, an important breakthrough for phycologists since algae are notoriously difficult to identify on morphology alone. Molecular-assisted techniques have also significantly increased the rate of novel species discovery among the algae, especially rhodophytes. From our own biodiversity assessments, we have learned that numerous members of Bermuda’s macroalgal flora have been misnamed, overlooked, or have not been identified as accepted species. Seaweed diversity in the islands overall, as well as the percentage of endemic species, is presumably underestimated. To explore this hypothesis, MAAT methods have been applied to extensive collections of Bermuda seaweeds accumulated since 2010 along with robust phylogenetic analyses incorporating comparative sequence data from around the world. This dissertation examines several results of these efforts. Four genera have been added to the Bermuda flora — Hommersandiophycus, Trichogloeopsis, Yamadaella and Laurenciella, and a number of species uncovered that are new reports for the islands – Centroceras gasparrinii, C. hyalacanthum, C. microacanthum, Liagora mannarensis, Trichogloeopsis pedicellata, Laurencia dendroidea, L. catarinensis and Palisada flagellifera. Eight species new to science have also been described — Helminthocladia kempii, Liagora nesophila, Yamadaella grassyi, Chondrophycus planiparvus, Laurenciella namii, Crassitegula laciniata, Centroceras arcii and C. illaqueans. Over the course of this study, we have accumulated 1875 DNA vouchered specimens collected from 157 sites around the Bermuda platform, as well as 317 specimens from the Florida Keys and 236 from St. Croix in the Caribbean Antilles, all paramount for present and future work. What we have learned already from this small archipelago suggests a overwhelming underrepresentation of diversity in historical records of the islands macroalgal flora, and highlights the importance of generating an accurate baseline dataset for future monitoring efforts.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,013
Score d'incertitude au seuil0,026

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,026
Tête enseignante GPT0,226
Écart entre enseignants0,200 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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