Excretion of Host DNA in Feces Is Associated with Risk of<i>Clostridium difficile</i>Infection
Notice bibliographique
Résumé
Clostridium difficile infection (CDI) is intricately linked to the health of the gastrointestinal tract and its indigenous microbiota. In this study, we assessed whether fecal excretion of host DNA is associated with CDI development. Assuming that shedding of epithelial cell increases in the inflamed intestine, we used human DNA excretion as a marker of intestinal insult. Whole-genome shotgun sequencing was employed to quantify host DNA excretion and evaluate bacterial content in fecal samples collected from patients with incipient CDI, hospitalized controls, and healthy subjects. Human DNA excretion was significantly increased in patients admitted to the hospital for a gastrointestinal ailment, as well as prior to an episode of CDI. In multivariable analyses, human read abundance was independently associated with CDI development. Host DNA proportions were negatively correlated with intestinal microbiota diversity. Enterococcus and Escherichia were enriched in patients excreting high quantities of human DNA, while Ruminococcus and Odoribacter were depleted. These findings suggest that intestinal inflammation can occur prior to CDI development and may influence patient susceptibility to CDI. The quantification of human DNA in feces could serve as a simple and noninvasive approach to assess bowel inflammation and identify patients at risk of CDI.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».