Abstract P2-05-12: Signatures of endocrine resistance in the tamoxifen and exemestane adjuvant multinational trial (TEAM)-UK cohort
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Introduction: There are a number of commercially-available tests to stratify risk for women diagnosed with early breast cancer. While such "Generation I" tests are increasingly being used, a consensus is growing that these tests are moderately accurate in assessing risk. Moreover, Generation I tests fail to direct more personalized treatment. There exists, therefore, a clear need for more informative "Generation II" tests that have theranostic targets. To this end, we have performed an mRNA abundance-based analysis using the UK cohort of the TEAM trial to identify signatures of endocrine resistance, from which pathways for putative therapeutic intervention may be identified. Methods: RNA extracted from 790 patients in the UK-TEAM cohort were profiled using a 165-gene NanoString codeset. The gene list was compiled from targets that comprise many of the existing risk assessment tests, in addition to genes known to be of importance for breast cancer pathogenesis. Signal intensities were normalized using the R statistical environment; 336 different combinations of preprocessing methods were assessed and the most optimal method selected using unbiased criteria. Results: Univariate survival analysis revealed a number of significantly prognostic candidates. Using inter-gene correlation and consensus clustering, we identified five gene clusters. Not surprisingly, these clusters included a strong proliferation, hormone signalling and cell migration component. Derivation of risk scores using Cox proportional hazards model, with the inclusion of age and nodal status, generated a signature identifying patients with differences in distant relapse-free survival (DRFS). Moreover, the composition of the gene-list made it possible to characterize the patients into their intrinsic subtypes and to determine their relative risk for recurrence relative to assessment tools available today. The added value of subtyping and the gene clusters identified in this discovery cohort will be discussed. Conclusions: The impact of test-guided therapy using multi-parametric tests is increasingly being felt in the clinic, and is reshaping modern health-care economics. A successful Generation II multi-parametric test will better discriminate those that are truly at high risk for recurrence following endocrine therapy and offer potential therapeutic options for intervention for those who would not benefit from current modalities. Citation Format: Jane Bayani, Mary Anne Quintayo, Cindy Q Yao, Syed Haider, Cassandra Brookes, Paul C Boutros, John MS Bartlett, Daniel W Rea. Signatures of endocrine resistance in the tamoxifen and exemestane adjuvant multinational trial (TEAM)-UK cohort [abstract]. In: Proceedings of the Thirty-Seventh Annual CTRC-AACR San Antonio Breast Cancer Symposium: 2014 Dec 9-13; San Antonio, TX. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2015;75(9 Suppl):Abstract nr P2-05-12.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».