Isolation, characterization and PCR multiplexing of microsatellite loci for a mite crop pest, Tetranychus urticae (Acari: Tetranychidae)
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Tetranychus urticae is a highly polyphagous species with a cosmopolitan distribution that has the status of pest in more than 100 economically significant crops all over the world. Despite a number of previous efforts to isolate genetic markers, only a reduced set of microsatellite loci has been published. Taking advantage of the whole genome sequence of T. urticae that recently became available; we isolated and characterized a new set of microsatellite loci and tested the level of polymorphism across populations originating from a wide geographical area. RESULTS: A total of 42 microsatellite sequences widespread in the T. urticae genome were identified, the exact position in the genome recorded, and PCR amplification of microsatellite loci tested with primers defined here. Fourteen loci showed unambiguous genotype patterns and were further characterized. Three multiplex polymerase chain reaction sets were optimized in order to genotype a total of 24 polymorphic loci, including 10 previously published Tetranychus-specific loci. The microsatellite kits successfully amplified 686 individuals from 60 field populations for which we assessed the level of genetic diversity. The number of alleles per locus ranged from 3 to 16 and the expected heterozygosity values ranged from 0.12 to 0.81. Most of the loci displayed a significant excess of homozygous and did not model the Hardy-Weinberg equilibrium. This can be explained by the arrhenotokous mode of reproduction of T. urticae. CONCLUSIONS: These primers represent a valuable resource for robust studies on the genetic structure, dispersal and population biology of T. urticae, that can be used in managing this destructive agricultural pest.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».