Investigating the effect of antibiotics on gut microbiota components and subsequent Clostridium difficile infection (LB516)
Notice bibliographique
Résumé
C. difficile (Cdif) infections (CDI) are a world‐wide epidemic. Recent small clinical trials have generated excitement for the use of fecal microbial transplants as a therapeutic option; however, the exact components of the microbiota needed for protection against CDI have remained elusive. This study assessed the specific intestinal microbiota components associated with prevention or exacerbation of CDI in a mouse model of disease. C57/Bl6 mice from two different vendors (A or B) were exposed to broad‐spectrum antibiotics before oral gavage with Cdif spores. Mice from A and B were co‐housed for 14 days, followed by exposure to antibiotics and development of CDI. Microbiota diversity and composition were analyzed using Illumina MiSeq Next‐Gen Sequencing of 16S rDNA in fecal samples. Mice from different vendors had distinct microbiota profiles both before and after antibiotic exposure. Mice from A developed severe CDI as evidenced by weight loss, histological damage, increased MPO levels and inflammatory cytokines, including KC and IL‐1β. Mice from B were resistant to CDI with minimal histological and cytokine changes from baseline. While similar at naïve levels, vendor B retained a high abundance of Bacteroidetes phyla after antibiotics. Following cohousing, mice from vendor A had less severe CDI and mice from vendor B had more severe CDI. Our data are the first to identify specific patterns in the intestinal microbiota that confer susceptibility to CDI. Furthermore, the bacterial populations that may be critical for preventing or reducing the severity of CDI were revealed. This study may lead to more targeted bacteriotherapy for the treatment and prevention of CDI. Grant Funding Source : Supported by Canadian Institute of Health Research and Alberta Innovates ‐ Health Solutions
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».