Abstract 1535: Immunohistochemistry predicts presence and type of TP53 mutation in high-grade serous carcinoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract TP53 mutations are ubiquitous to ovarian high-grade serous carcinomas (HGSC) but uncommon in other types such as endometrioid carcinomas. Despite the advances in direct sequencing, this technology is not widely available for routine diagnostics. Significant improvements in standardization of immunohistochemistry (IHC) have dramatically improved sensitivity. We hypothesized that the pattern of p53 expression by IHC can predict the presence and group of TP53 mutations: complete absence indicating null mutations versus overexpression indicating missense mutation. DNA extracted from 91 fresh frozen HGSC samples obtained from the Canadian Ovarian Experimental Unified Resource (COEUR) and from 66 formalin fixed paraffin embedded HGSC samples obtained from Calgary Laboratory Services were sequenced using TAmSeq methods for NGS. Additional Sanger sequencing was performed for confirmation or for identification of indel mutations. Accompanying tissue microarrays with 0.6 mm cores were constructed and immunohistochemistry for p53 was performed on a Leica Bond MAX platform using the DO-7 monoclonal antibody. The expression of p53 was scored in a 3-tier system: complete absence, wild type (any staining from 1-70%), overexpression (>70% strong nuclear staining). Cytoplasmic localization was noted separately. TP53 mutations were detected in 147/157 HGSC (94%). The type of mutation in descending order were missense 104/147 (71%), frameshift 17/147 (12%), stopgain 13/147 (9%), and splice site 13/147 (13%). 101/104 cases with TP53 missense mutations showed p53 overexpression (98% concordance) while 12/17 cases with frameshift, 11/13 cases with stopgain, and 7/13 with splicing (combined 70% concordance) showed the expected complete absence of p53 expression. The overall sensitivity of p53 IHC to predict the group of mutation was 89% (131/147). Only 6/147 (4%) cases with TP53 mutations showed a p53 wild type pattern, four those were splice site mutations, hence the sensitivity of p53 IHC to predict the presence of mutation is 94%. Interestingly, 7/10 cases with TP53 wild type or synonymous silent mutations showed aberrant p53 expression as either complete absence or overexpression, suggesting alternative abnormalities in the p53 pathway. The three cases with TP53 wild type and p53 wild type expression may not be HGSC. We conclude that contemporary p53 immunohistochemistry is a useful, widely accessible, inexpensive complimentary test for direct TP53 sequencing. Citation Format: Martin Köbel, Anna Piskorz, Shuhong Liu, James D. Brenton. Immunohistochemistry predicts presence and type of TP53 mutation in high-grade serous carcinoma. [abstract]. In: Proceedings of the 105th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2014 Apr 5-9; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2014;74(19 Suppl):Abstract nr 1535. doi:10.1158/1538-7445.AM2014-1535
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».