Micro-CT X-rays do not fragment DNA in preserved bird skins
Notice bibliographique
Résumé
Most zoological systematics studies are currently based on morphological features, molecular traits or a combination of both to reconstruct animals’ phylogenetic history. Increasingly, morphological studies of museum specimens are using X-ray computed tomography to visualize internal morphology, because of its ‘non-destructive’ nature. However, it is not known whether CT can fragment the size of DNA extracted from museum specimens, as has been demonstrated to occur in living cells. This question is of paramount importance for collections based research because X-rays may reduce the amount of data obtainable from specimens. In our study, we tested whether exposure of museum bird skins to typical CT X-ray energies (for visualization of the skeleton) increased DNA strand fragmentation, a key factor for the success of downstream molecular applications. For the present study, we extracted DNA from shavings of 24 prepared and dried bird skins (100+ years) footpads before and after CT scanning. The pre- and post-CT fragmentation profiles were assessed using a capillary electrophoresis high-precision instrument (Agilent Bioanalyzer). Comparison of the most common strand length in each DNA sample (relative mass) revealed no significant difference unexposed and exposed tissue (paired t-test p = 0.463). In conclusion, we found no further quantifiable degradation of DNA strand length under standard X-ray exposure obtained from our bird skins sample. Differences in museum preservation techniques probably had a greater effect on variation of pre-CT DNA fragmentation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,026 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».