Characterization of the C-terminal extension of carboxysomal carbonic anhydrase from <i>Synechocystis</i> sp. PCC6803
Notice bibliographique
Résumé
Sequence analysis of the carboxysomal carbonic anhydrase (CcaA) from Synechocystis PCC6803, Synechococcus PCC7942 and Nostoc ATCC29133, indicated high sequence identity to the β class of plant and bacterial carbonic anhydrases (CA), and conservation of the active site region. However, the cyanobacterial enzyme has a C -terminal extension of about 75 amino acids (aa) not found in the plant enzymes, and largely absent from other bacterial enzymes. Using recombinant DNA technology, genes encoding C -terminal truncation products of up to 127 aa were overexpressed in E. coli , and partially purified lysates were analysed for CA-mediated exchange of 18O between 13C18O2and H216O. Recombinant CcaA proteins with up to 60 aa removed (CcaAΔ60) were catalytically competent, but beyond this there was an abrupt loss of activity. CcaAΔ0, along with CcaAΔ40 and CcaAΔ60, also catalysed the hydrolysis of carbon oxysulfide (COS; an isoelectronic structural analogue of CO2), but CcaAΔ63 and CcaAΔ127 did not, indicating that truncations greater than 62 aa resulted in a general loss of catalytic competency. Analysis of protein-protein interaction using the yeast two-hybrid system revealed that CcaA did not interact with the large or small Rubisco subunits (RbcL and RbcS, respectively) of Synechocystis , but there was strong CcaA-CcaA interaction. This protein interaction also ceased with C -terminal truncations in CcaA greater than 60 aa. The correlation between loss of CcaA-CcaA interaction and CcaA catalytic activity suggests that the proximal portion of the C-terminal extension is required for oligomerization, and that this oligomerization is essential for catalysis by the cyanobacterial enzyme. Thus, the C-terminal extension may play an important role in the function of CA within cyanobacterial carboxysomes, which is not required by the higher plant enzymes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».