Evaluating Signal Response of Wsc2p and Wsc3p Cell Wall Stress Sensors in Yeast
Notice bibliographique
Résumé
In the budding yeast Saccharomyces cerevisiae , the WSC2 and WSC3 genes encode plasma membrane proteins with structural features of cell wall stress sensors involved in maintenance of cell integrity and recovery from heat shock. These sensors detect changes in environmental conditions and stresses on the cell wall and/or the plasma membrane and activate a downstream PKC1 ‐dependent cell wall integrity pathway (CWIP) with a central Mitogen Activated Protein (MAP) kinase Slt2/Mpk1 module. The objective of our research is to evaluate which interactor proteins, among those previously identified by an integrated membrane yeast two‐hybrid (iMYTH) assay, are shared between the sensors and if these contribute to CWIP activation. We hypothesize that some signaling functions of Wsc2p and Wsc3p in Saccharomyces cerevisiae require specific interactions with couplers of the PKC1 pathway. A functional interaction network diagram was generated to visualize these interactions. To reinforce our analysis we performed bioinformatic analysis in order to identify orthologous proteins for these interactors in other fungal species. Viability assays were performed on null mutant strains of the interactors under normal culture conditions and during exposure to cell wall stress conditions. Growth constants for all the deletion mutants were calculated and compared to the constants calculated for the wild type. This research was supported in part by the Univ. of Puerto Rico, Univ. of Toronto, Univ. of Kentucky, and NIH awards from RCMI‐G12MD007600, and INBRE 8 P20 GM103475.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».