Characterization of halotolerant Bicosoecida and Placididea (Stramenopila) that are distinct from marine forms, and the phylogenetic pattern of salinity preference in heterotrophic stramenopiles
Notice bibliographique
Résumé
Recent culture-based studies demonstrate the distinctiveness of the microbial eukaryote biota of very hypersaline environments. In contrast, microscopy-based faunistic studies suggest that the biota of habitats of more moderate hypersalinity (60-150 per thousand) overlaps substantially with that of marine environments, but this has barely been studied with modern techniques. To investigate the diversity and salinity tolerance range of these organisms, eight cultures of heterotrophic stramenopiles were established from (or from nearby) moderately hypersaline locations. These isolates represent five independent groups; Groups A, B and C are bicosoecids; Groups D and E belong to Placididea. One isolate (Group A) is a strain of the widespread marine species Cafeteria roenbergensis, and cannot grow above 100 per thousand salinity. The other isolates - Groups B-E - can all grow at 150-175 per thousand salinities and are probably moderate halophiles. Groups B-E all represent previously unsequenced species or even genera, although Group B is the sister group of the borderline extreme halophile Halocafeteria. The high level of novelty en countered suggests that moderately hypersaline environments may harbour a heterotrophic stramenopile biota distinct from that of marine environments. Interestingly, our new isolates are all most closely related to marine or halophilic forms, and our phylogenies show large clades defined by saline/non-saline habitats within bicosoecids, placidomonads and related lineages. In particular, most freshwater/soil bicosoecids form one well-supported clade. The sole major exception is Bicosoeca, which is intermixed with marine environmental sequences originally referred to as 'MAST-13', which are from brackish water, not typical seawater. It seems that the freshwater/marine barrier has been crossed very few times in the evolutionary history of these heterotrophic stramenopile flagellates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».