Polymorphisms in cell cycle pathway genes and risk of non-Hodgkin’s lymphoma
Notice bibliographique
Résumé
2558 Cell cycle genes, responsible for cell cycle checkpoints and apoptotic process, have been documented to be involved in the development and progression of many human cancers. Genetic variations in cell cycle genes may alter cell cycle function, resulting in the accumulation of genetic damage and consequently promoting tumorigenesis. Here, we test the hypothesis that genetic polymorphisms in several major cell cycle pathway genes may be associated with non-Hodgkin’s lymphoma (NHL) risk in a population-based case-control study in Connecticut women involving 518 cases and 597 controls who donated either blood or buccal cell samples. High-throughput genotyping was conducted on an ABI 7900HT sequence detection system at the Core Genotyping Facility of the National Cancer Institute (http://snp500cancer.nci.nih.gov). We examined associations between nine single nucleotide polymorphisms (SNPs) in six cell cycle genes and NHL risk: BCL6, TP53, CCNH, CCND1, CHEK1, and CDKN2A. A SNP (rs1056932) in the B cell lymphoma 6 (BCL6) gene showed a significantly increased risk for all NHL (OR=2.1, 95%CI: 1.4-3.2), for all B-cell lymphomas (OR=2.0, 95%CI: 1.3,3.1), and T-cell lymphomas (OR=5.1, 95%CI: 2.0,13.0) for the C/C compared to the T/T genotype. Significantly increased risk was similarly observed for the following B cell subtypes: B-cell chronic lymphatic leukemia/prolymphocytic leukemia/small lymphocytic lymphoma (CLL/SLL) (OR=3.5, 95%CI: 1.6,7.9), diffuse large B-cell lymphoma (OR=2.0, 95%CI: 1.1,3.5), and follicular lymphoma (OR=2.0, 95%CI: 1.1,3.7). The tumor suppressor TP53 polymorphism (rs1042522) was associated with a reduced risk of T-cell lymphoma (OR=0.4, 95%CI: 0.2,0.9) for C/C and C/G combined genotypes compared to the G/G genotype. A significantly reduced risk of CLL/SLL was also observed for the combined C/C and C/T genotypes of the CCNH gene (rs2266690) compared to the T/T genotype (OR=0.4, 95%CI: 0.2,0.9). There were no significant associations found between SNPs in the CCND1, CHEK1, or CDKN2A genes and risk of NHL overall and by subtype. Our results support the hypothesis that genetic variation in cell cycle genes play a role in the etiology of NHL and support the need for more intensive investigation of this pathway as a factor in lymphomagenesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».