cPath: open source software for collecting, storing, and querying biological pathways
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Biological pathways, including metabolic pathways, protein interaction networks, signal transduction pathways, and gene regulatory networks, are currently represented in over 220 diverse databases. These data are crucial for the study of specific biological processes, including human diseases. Standard exchange formats for pathway information, such as BioPAX, CellML, SBML and PSI-MI, enable convenient collection of this data for biological research, but mechanisms for common storage and communication are required. RESULTS: We have developed cPath, an open source database and web application for collecting, storing, and querying biological pathway data. cPath makes it easy to aggregate custom pathway data sets available in standard exchange formats from multiple databases, present pathway data to biologists via a customizable web interface, and export pathway data via a web service to third-party software, such as Cytoscape, for visualization and analysis. cPath is software only, and does not include new pathway information. Key features include: a built-in identifier mapping service for linking identical interactors and linking to external resources; built-in support for PSI-MI and BioPAX standard pathway exchange formats; a web service interface for searching and retrieving pathway data sets; and thorough documentation. The cPath software is freely available under the LGPL open source license for academic and commercial use. CONCLUSION: cPath is a robust, scalable, modular, professional-grade software platform for collecting, storing, and querying biological pathways. It can serve as the core data handling component in information systems for pathway visualization, analysis and modeling.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,006 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,007 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,035 | 0,031 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».