Identification of a recurrent transforming <i><scp>UBR5–ZNF423</scp></i> fusion gene in <scp>EBV</scp>‐associated nasopharyngeal carcinoma
Notice bibliographique
Résumé
Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is a distinct type of head and neck cancer which is prevalent in southern China, south-east Asia and northern Africa. The development and stepwise progression of NPC involves accumulation of multiple gross genetic changes during the clonal expansion of Epstein-Barr virus (EBV)-infected nasopharyngeal epithelial cell population. Here, using paired-end whole-transcriptome sequencing, we discovered a number of chimeric fusion transcripts in a panel of EBV-positive tumour lines. Among these transcripts, a novel fusion of ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 5 (UBR5) on 8q22.3 and zinc finger protein 423 (ZNF423) on 16q12.1, identified from the NPC cell line C666-1, was recurrently detected in 12/144 (8.3%) of primary tumours. The fusion gene contains exon 1 of UBR5 and exons 7-9 of ZNF423 and produces a 94 amino acid chimeric protein including the original C-terminal EBF binding domain (ZF29-30) of ZNF423. Notably, the growth of NPC cells with UBR5-ZNF423 rearrangement is dependent on expression of this fusion protein. Knock-down of UBR5-ZNF423 by fusion-specific siRNA significantly inhibited the cell proliferation and colony-forming ability of C666-1 cells. The transforming ability of UBR5-ZNF423 fusion was also confirmed in NIH3T3 fibroblasts. Constitutive expression of UBR5-ZNF423 in NIH3T3 fibroblasts significantly enhanced its anchorage-independent growth in soft agar and induced tumour formation in a nude mouse model. These findings suggest that expression of UBR5-ZNF423 protein might contribute to the transformation of a subset of NPCs, possibly by altering the activity of EBFs (early B cell factors). Identification of the oncogenic UBR5-ZNF423 provides new potential opportunities for therapeutic intervention in NPC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».