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Enregistrement W1603262237 · doi:10.1111/trf.12973

<scp>SARA</scp>: a “new” low‐frequency<scp>MNS</scp>antigen (<scp>MNS47</scp>) provides further evidence of the extreme diversity of the<scp>MNS</scp>blood group system

2014· article· en· W1603262237 sur OpenAlexaffabout
Rhiannon McBean, Catherine A. Hyland, Julia L. Hendry, Meer‐Taher Shabani‐Rad, Robert L. Flower

Notice bibliographique

RevueTransfusion · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueBlood groups and transfusion
Établissements canadiensCalgary Laboratory Services
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSanger sequencingGeneticsBiologyExome sequencingAntigenMolecular biologyComputational biologyGeneDNA sequencingMutation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Until recently, SARAH (SARA) was a low-frequency antigen within the 700 series (700.052). SARA was discovered in Australia and subsequently described in Canada where anti-SARA was implicated in severe hemolytic disease of the fetus and newborn (HDFN). This study investigated whether SARA could be recategorized into an existing, or novel, blood group system. STUDY DESIGN AND METHODS: Serologically typed Australian SARA family members (n = 9) were exome sequenced followed by bioinformatics analysis. Sanger sequencing of Exon 3 of GYPA of Australian (n = 9) and Canadian (n = 9) family members was then performed, as were peptide inhibition studies. RESULTS: Exome sequencing identified 499,329 single-nucleotide variants (SNVs) within the nine individuals. Filtering excluded SNVs with an NCBI dbSNP ID (n = 482,177) and non-protein coding SNVs (n = 14,008); for the remaining 3144 SNVs, only one, c.240G>T of GYPA encoding p.Arg80Ser, was present in all six SARA-positive individuals. Sanger sequencing confirmed the presence of c.240G>T in the Australian SARA-positive individuals and demonstrated the same genetic basis in the Canadian SARA family. For a peptide representing the SARA sequence, inhibition of anti-SARA against SARA-positive cells was 84.6% at a concentration of 1.0 mg/mL. CONCLUSION: We provide evidence that the SARA antigen is encoded by a SNV on GYPA and SARA has been reassigned to the MNS blood group system, now MNS47. This discovery provides a basis for application of genetic approaches in SARA typing when clinically indicated, for example, in HDFN.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesMéta-épidémiologie (sens strict)
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,215
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,002
Bibliométrie0,0000,002
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,217
Écart entre enseignants0,194 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations15
Publié2014
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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