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Enregistrement W1603707930

Robust GMACE for young bulls - methodology

2012· article· en· W1603707930 sur OpenAlexaff
P G Sullivan, Jette Jakobsen

Notice bibliographique

RevueBulletin - International Bull Evaluation Service/Interbull bulletin · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic and phenotypic traits in livestock
Établissements canadiensCanadian Dairy Commission
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésStatisticsMathematicsRange (aeronautics)MaceVariance (accounting)Best linear unbiased predictionEconometricsSelection (genetic algorithm)Computer science
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Methods presented previously to combine GEBV of young bulls and MACE solutions of ancestors were reviewed.  Variances required for GMACE could be assumed equal to the variances in regular MACE, or estimated from GMACE input data.  Equations to estimate variance were partitioned to explain extreme estimates that have been observed.  Variance estimation was subsequently improved and constraints were applied to avoid extreme variances in GMACE applications.  Subtracting the average difference between national GEBV and MACE parent average forced a null average for Mendelian Sampling estimates and removed inconsistencies among population scales.  This adjustment reduced or eliminated the majority of extreme genomic variance estimates.  The small number of remaining extremes were for traits with unusually low reliabilities of national GEBV.  Nearly all other estimates of genetic standard deviation (SD) were within the range 0.80-1.20 times the SD used for MACE.  Estimates outside this range were truncated to the edges of the range.  RMSE of local GEBV predictions, based on GMACE of data that included GEBV from only foreign countries, were reduced by these constraints on genomic variance estimates.  The use of robust variance estimates also reduced the bias of top young bull predictions, especially for traits with the largest biases.  Relative to the use of MACE variances, GMACE with robust genomic variances gave a slightly higher but similarly low maximum bias for SCS (20% versus 18%) and for all other traits the maximum bias was reduced, from 22% to 10% for protein yield, from 46% to 16% for stature, from 61% to 44% for longevity, and from 28% to 27% for fertility.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,412
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0130,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,107
Tête enseignante GPT0,339
Écart entre enseignants0,232 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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