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Enregistrement W1628010980

The Potential for Horizontal Gene Transfer in Sea Ice

2010· article· en· W1628010980 sur OpenAlexaffabout
R. Eric Collins, J. W. Deming

Notice bibliographique

RevueAstrobiology Science Conference 2010: Evolution and Life: Surviving Catastrophes and Extremes on Earth and Beyond · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueBacteriophages and microbial interactions
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAstrobiologySea iceSeawaterGeologyOceanographySolar SystemHorizontal gene transferEnvironmental scienceBiologyGene
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Jody W. Deming, School of Oceanography and Astrobiology Program, University of Washington, USA and Origins Institute, McMaster University, Canada (rec3141@mcmaster.ca) Although ‘follow the water’ has long been a mantra in astrobiology, the dominant state of water in our solar system is not as a liquid but as a solid. Water ice is present in abundance on the satellites of Saturn and Jupiter, including Titan and Europa, on Mars, on the Moon, and it may have played a prominent role in the evolution of life on Earth during putative ‘snowball Earth’ episodes. One form of solid water present on Earth today is sea ice, an extreme environment characterized by low temperature (−2 to −35◦C) and high salinity (35 to 270 parts per thousand) in its brine inclusions, where microbes have been observed to reside. The physical concentration of microorganisms and the subsequent imposition of physical, chemical, and biological stresses in autumn and winter sea ice brine may favor the occurrence of horizontal gene transfer there, which in turn is expected to aid in the adaptation of microorganisms to this seasonally and epochally dynamic environment. As part of the International Polar Year (IPY) Circumpolar Flaw Lead System Study (CFL) we found high concentrations of bacteria, viruses, and extracellular free DNA in sea ice brine relative to underlying seawater (Fig. 1), each a proxy for the raw materials required for horizontal gene transfer by conjugation, transduction, and transformation, respectively. Transduction is suggested as a prominent form of horizontal gene transfer in sea ice due to extremely high virus-to-bacteria contact rates predicted in sea ice brine (Fig. 2) and the presence of stressors, like rapid changes in temperature and salinity, that have been shown to promote the induction of prophage into the lytic cycle. Horizontally transferred genes with particular utility in sea ice may include those encoding for the production, degradation, or alteration of extracellular polymeric substances or compatible solutes, compounds thought to have utility as cryoprotectants and osmoprotectants. Complete genome comparisons using a sea ice affiliated psychrophilic gammaproteobacterium, Colwellia psychrerythraea, revealed evidence for the horizontal acquisition of genes necessary for the complete catabolism of glycine betaine (Fig. 3), a common compatible solute used for protection against salt stress by members of all three Domains of life. Growth experiments using a defined medium indicated that sarcosine (an intermediate in the catabolism of glycine betaine) was utilized by Colwellia psychrerythraea and several other isolates of Colwellia as a sole source of organic carbon and nitrogen, suggesting that the horizontally transferred operon was expressed in vitro.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,214
Écart entre enseignants0,206 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2010
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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