INVOLVEMENT OF GENOTYPING AND PHYLOGENETIC ANALYSIS OF HCV AND HIV ISOLATES IN THE MONITORING OF THE DISEASE PROGRESSION AMONG HIV/HCV CO-INFECTED INDIVIDUALS IN CAMEROON
Notice bibliographique
Résumé
Background: RNA virus infections represent a significant cause of illness and death in vertebrates. Specifically in humans, RNA viruses are responsible for a wide range of acute, chronic, emerging and re-emerging infections. HIV and HCV rank as some of the RNA viruses infections facing Africa. Methods: To perform genotyping and phylogenetic analysis using HCV specific genes in order to monitor the disease progression, RNA was isolated from HIV/HCV co-infected patients, in a town with heterogeneous population in Cameroon, Douala. From 2005 to 2006, a total of 36 HIV/HCV co-infected isolates (22 from volunteer blood donors and 14 from people living with HIV/AIDS and naive of treatment) were analyzed using molecular biology techniques and bioinformatics tools. Molecular biology techniques (RT-PCR, gene/TOPO cloning and DNA sequencing) and bioinformatics tools were performed at the J. Craig Venter Institute, MD, USA. Results: The results obtained show that HCV isolates from Cameroon belong to genotypes 1, 2, and 4. The corresponding subtypes investigated were 1a, 1b, 1c, 2a, 2c, 2k, and 4a. Phylogenetic analysis of the NS5B gene showed that Cameroonian strains cluster with Gabonese, French and Martinique strains, whereas they differ from Ghanaian and Canadian strains. Subtypes 1a and 1b that are mostly found in developed countries also circulate in Cameroon, indicating that HCV infection represents a serious threat in infected people. Results also show that the majority of HIV strains belong to the circulating recombinant forms, CRF_02_AG. Epidemiologic data show that HCV infected individuals are older than HIV mono-infected patients. Conclusions: These results show evidence of genetic diversity of HIV and HCV; virulent hepatitis C virus in Cameroon, and therefore a great need for further investigation of quasi-species using different clones from the same strain. Besides, there is an imperative need for monitoring the disease progression in the sub-region, using genomics and bioinformatic approaches.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».