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Enregistrement W1633895629 · doi:10.1128/9781555815523.ch5

Essential Genes in<i>Aspergillus fumigatus</i>

2014· book-chapter· km· W1633895629 sur OpenAlexaff
Wenqi Hu, Bo Jiang, Terry Roemer

Notice bibliographique

RevueASM Press eBooks · 2014
Typebook-chapter
Languekm
DomaineMedicine
ThématiqueAntifungal resistance and susceptibility
Établissements canadiensMerck Canada Inc. (Canada)
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAspergillus fumigatusBiologyGeneCandida albicansGeneticsAntifungal drugComputational biologyMicrobiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

This chapter discusses recent developments in the identification of essential genes and validation of potential antifungal drug targets in Aspergillus fumigatus. Essential genes were identified based on (i) the inability to construct haploid insertional mutants or (ii) identification of temperature-sensitive conditional mutants. The compendium of recently defined conserved essential genes in Saccharomyces cerevisiae, Candida albicans, and other fungi has provided important insights for predicting essential genes in A. fumigatus. Essential genes that are required for fungal survival and growth provide potential antifungal drug targets. A. fumigatus genes which have been experimentally demonstrated to be essential for growth are summarized. This essential gene set includes genes involved in various biological and biochemical functions, such as amino acid, cell wall, ergosterol, heme, and lipid biosynthesis, as well as cell cycle control, cellular metabolism, protein transport, ribosome biogenesis, and RNA splicing. Additional A. fumigatus essential genes involved in ergosterol biosynthesis include ERG10, ERG12, ERG7, ERG8, and ERG20 and as such, provide new targets for therapeutic intervention. Currently, identification of A. fumigatus essential genes largely depends on the following four approaches: conventional gene deletion and disruption, parasexual genetics, RNAi knockdown, and conditional promoter replacement strategies. Completion of the A. fumigatus genome sequence, however, combined with current molecular genetic strategies and their inevitable refinements, has now made large-scale genetic analysis of A. fumigatus possible for the first time, thus expanding our knowledge of its biology, pathogenesis, and potential antifungal targets.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,027
Tête enseignante GPT0,265
Écart entre enseignants0,239 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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