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Enregistrement W1643374004 · doi:10.1038/ncomms8549

Large-scale genomics unveil polygenic architecture of human cortical surface area

2015· article· en· W1643374004 sur OpenAlexfundno aff
Chi‐Hua Chen, Qian Peng, Andrew J. Schork, Min‐Tzu Lo, Chun-Chieh Fan, Yunpeng Wang, Francesco Bettella, Donald J. Hagler, Connor McCabe, Linda Chang, Natacha Akshoomoff, Erik Newman, Thomas Ernst, Peter C.M. van Zijl, Joshua Kuperman, Sarah Murray, Cinnamon S. Bloss, Mark I. Appelbaum, Anthony Gamst, Wesley K. Thompson, Hauke Bartsch, Michael Weiner, Paul Aisen, Ronald Petersen, Clifford R. Jack, William J. Jagust, John Q. Trojanowki, Arthur W. Toga, Laurel Beckett, Robert C. Green, Andrew J. Saykin, John C. Morris, Leslie M. Shaw, Zaven S. Khachaturian, Greg Sorensen, María C. Carrillo, Lew Kuller, Marc Raichle, Steven M. Paul, Peter Davies, Howard Fillit, Franz Hefti, Davie Holtzman, M. Marcel Mesulman, William Z. Potter, Peter J. Snyder, Adam J. Schwartz, Tom Montine, Ronald G. Thomas, Michael Donohue, Sarah Walter, Devon Gessert, Tamie Sather, Gus Jiminez, Danielle Harvey, Matt A. Bernstein, Nick C. Fox, Paul R. Thompson, Norbert Schuff, Charles DeCarli, Bret Borowski, Jeff Gunter, Matthew L. Senjem, Prashanthi Vemuri, David Jones, Kejal Kantarci, Chad Ward, Robert A. Koeppe, Norm Foster, Eric M. Reiman, Kewei Chen, Susan Landau, Nigel J. Cairns, Erin Householder, Lisa Taylor‐Reinwald, Virginia M.‐Y. Lee, Magdalena Korecka, Michal Figurski, Karen Crawford, Scott Neu, Tatiana Foroud, Steven Potkin, Li Shen, Kelley Faber, Sungeun Kim, Kwangsik Nho, Leon J. Thal, Richard Frank, Neil Buckholtz, Marilyn Albert, John Hsiao, Lars T. Westlye, William S. Kremen, Terry L. Jernigan, Stéphanie Le Hellard, Vidar M. Steen, Thomas Espeseth, Matt Huentelman, Asta K. Håberg, Ingrid Agartz, Srdjan Djurovic, Ole A. Andreassen, Nicholas J. Schork, Anders M. Dale

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute on Drug AbuseNational Institute of Mental HealthNational Institute on AgingNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringCanadian Institutes of Health ResearchUniversity of California, San DiegoNational Institutes of HealthIXICOServierHelse Midt-NorgeNorthern California Institute for Research and EducationEisaiSynarcNorges Teknisk-Naturvitenskapelige UniversitetPfizerBiogenBioClinicaF. Hoffmann-La RocheUniversity of Southern CaliforniaMedpaceNovartis Pharmaceuticals CorporationNational Alliance for Research on Schizophrenia and DepressionU.S. Department of DefenseEli Lilly and CompanyBristol-Myers SquibbAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeMeso Scale DiagnosticsAlzheimer's AssociationGenentechNorges ForskningsrådFoundation for the National Institutes of Health
Mots-clésHeritabilitySingle-nucleotide polymorphismBiologyGenetic architectureGenomicsGenomeEvolutionary biologyGeneticsGenetic variationGeneQuantitative trait locusGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Little is known about how genetic variation contributes to neuroanatomical variability, and whether particular genomic regions comprising genes or evolutionarily conserved elements are enriched for effects that influence brain morphology. Here, we examine brain imaging and single-nucleotide polymorphisms (SNPs) data from ∼2,700 individuals. We show that a substantial proportion of variation in cortical surface area is explained by additive effects of SNPs dispersed throughout the genome, with a larger heritable effect for visual and auditory sensory and insular cortices (h(2)∼0.45). Genome-wide SNPs collectively account for, on average, about half of twin heritability across cortical regions (N=466 twins). We find enriched genetic effects in or near genes. We also observe that SNPs in evolutionarily more conserved regions contributed significantly to the heritability of cortical surface area, particularly, for medial and temporal cortical regions. SNPs in less conserved regions contributed more to occipital and dorsolateral prefrontal cortices.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,026
Tête enseignante GPT0,311
Écart entre enseignants0,286 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations36
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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