Fine Mapping, Gene Content, Comparative Sequencing, and Expression Analyses Support <i>Ctla4</i> and <i>Nramp1</i> as Candidates for <i>Idd5.1</i> and <i>Idd5.2</i> in the Nonobese Diabetic Mouse
Notice bibliographique
Résumé
At least two loci that determine susceptibility to type 1 diabetes in the NOD mouse have been mapped to chromosome 1, Idd5.1 (insulin-dependent diabetes 5.1) and Idd5.2. In this study, using a series of novel NOD.B10 congenic strains, Idd5.1 has been defined to a 2.1-Mb region containing only four genes, Ctla4, Icos, Als2cr19, and Nrp2 (neuropilin-2), thereby excluding a major candidate gene, Cd28. Genomic sequence comparison of the two functional candidate genes, Ctla4 and Icos, from the B6 (resistant at Idd5.1) and the NOD (susceptible at Idd5.1) strains revealed 62 single nucleotide polymorphisms (SNPs), only two of which were in coding regions. One of these coding SNPs, base 77 of Ctla4 exon 2, is a synonymous SNP and has been correlated previously with type 1 diabetes susceptibility and differential expression of a CTLA-4 isoform. Additional expression studies in this work support the hypothesis that this SNP in exon 2 is the genetic variation causing the biological effects of Idd5.1. Analysis of additional congenic strains has also localized Idd5.2 to a small region (1.52 Mb) of chromosome 1, but in contrast to the Idd5.1 interval, Idd5.2 contains at least 45 genes. Notably, the Idd5.2 region still includes the functionally polymorphic Nramp1 gene. Future experiments to test the identity of Idd5.1 and Idd5.2 as Ctla4 and Nramp1, respectively, can now be justified using approaches to specifically alter or mimic the candidate causative SNPs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».