Epigenetic differences between human papillomavirus-positive and -negative oropharyngeal squamous cell carcinomas.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Epigenetic modifications are defined as heritable changes in gene expression that are not encoded in deoxyribonucleic acid (DNA). Despite the importance of epigenetics in tumorigenesis, there is a paucity of information regarding the epigenetic profiles of oropharyngeal squamous cell carcinoma (OPSCC). OBJECTIVE: The objective of this study was to identify epigenetic signatures associated with human papillomavirus (HPV)-positive and -negative OPSCC. METHODS: We collected demographic, pathologic, and survival data from 44 patients with advanced-stage OPSCC treated with surgery and chemoradiation at the University of Alberta between January 2006 and December 2008. Tumour specimen from these patients were retreived and sectioned for immunohistochemical analysis. Double immunofluorescence staining was performed with p16 (HPV surrogate) and a panel of epigenetic markers, namely, histone methyl-lysines 4, 9, and 27 and H4 methyl-lysine 20. Correlation between p16 and epigenetic markers was measured using Metamorph and Image J software. RESULTS: Forty-one percent of patients were p16 positive. No statistically significant differences were found between p16-positive and -negative patients in terms of age at diagnosis, tumour subsite, or smoking history. We found significant differences in histone methylation between p16-positive and -negative tumours. OPSCC tumours positive for p16 had global elevations of histone H4 monomethylated lysine 20 (H4K20me1) and H3 trimethylated lysine 27 (H3K27me3) with depletions of H4 trimethylated lysine 20 (H4K20me3). In contrast, p16-negative tumours had depleted levels of H4K20me1 and H3K27me3 with high levels of H4K20me3. CONCLUSIONS: HPV-positive and -negative OPSCCs have distinct epigenetic profiles representing broad gene expression differences between these tumours.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».