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Enregistrement W1695091605 · doi:10.1139/er-2013-0011

Environmental metabolomics: an emerging approach to study organism responses to environmental stressors

2013· article· en· W1695091605 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
venuePublié dans une revue dont le pays d'attache est le Canada.

Notice bibliographique

RevueEnvironmental Reviews · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMetabolomicsOrganismStressorBiologyAbiotic componentEnvironmental stressComputational biologyEnvironmental chemistryEcologyChemistryBioinformaticsGeneticsNeuroscience

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Metabolomics is the analysis of endogenous and exogenous low molecular mass metabolites within a cell, tissue, or biofluid of an organism in response to an external stressor. The sub-discipline of environmental metabolomics is the application of metabolomic techniques to analyze the interactions of organisms with their environment. There has been a rapid growth in environmental metabolomics over the past decade. This growth can be attributed to the comprehensive and rapid nature of nontargeted metabolomics and the ability to generate hypotheses involving complex environmental stressors, especially when the mode of action is unknown. Using a wide variety of model organisms, metabolomic studies have detected stress from abiotic factors such as xenobiotic exposure and temperature shifts as well as biotic stressors such as herbivory and competition. Nuclear magnetic resonance (NMR)-based metabolomics has been the dominant analytical platform used for environmental metabolomics studies, owing to its nonselectivity and ease of sample preparation. However, the number of mass spectrometry (MS)-based metabolomic studies is also increasing rapidly, owing to its high sensitivity for the detection of trace levels of metabolites. In this review, we provide an overview of the general experimental design, extraction methods, analytical instrumentation, and statistical methods used in environmental metabolomics. We then highlight some of the recent studies that have used metabolomics to elucidate hitherto unknown biochemical modes of actions of various environmental stressors to both terrestrial and aquatic organisms, as well as identify potential metabolite shifts as early bioindicators of these stressors. Through this, we emphasize the immense potential and versatility of environmental metabolomics as a routine tool for characterizing the responses of organisms to numerous types of environmental stressors.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,826
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,262
Écart entre enseignants0,243 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle