P224-M Management Systems and Storage of Laboratory Information at Laval University Hospital Research Center Genomic Sequencing and Genotyping Platform
Notice bibliographique
Résumé
Between November 2005 and October 2006, a total of 106 academic and corporate researchers requested the services of the CRCHUL Genomic Sequencing and Genotyping Platform. All procedures are performed by only one manager and two research assistants. During this one-year period, we sequenced 205,000 DNA samples using only one ABI 3730xl DNA analyzer. We also genotyped 8200 samples using one ABI 3100 sequencer. The maximum delivery time was 48 h for all projects of less than 384 samples. These samples comprised 80% of all our orders. The management and integration of all these samples were conducted on a computer system that we developed in house. This laboratory information management system has significantly reduced processing and analysis time and concurrently increased production capacity. All data are stored on our Oracle 10G database installed on a UNIX server, which is connected to an interface application server module to increase security. The Web interfaces were developed in PL/SQL, which facilitates quick consultations, additions, and modifications. Our customers can thus easily submit their samples at www.sequences.crchul.ulaval.ca. All laboratory procedures are tracked and managed by two research assistants through our laboratory information management system (LIMS). This LIMS also allows the customers to follow the progress of their samples on line. Once the sequencing process is completed, all samples are analyzed by our personnel, a descriptive note is added to every sample, and an electronic notification is sent to the customer. Results are retrieved from our database by downloading a compressed file. Production of monthly financial statements is incorporated into our computer system, reducing administrative time and expenses with respect to management. In the near future, we will be integrating our most recent SNP genotyping service using the Sequenom MassArray into our information management system.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».