A PCR-RFLP assay for identification and detection of Pythium myriotylum, causal agent of the cocoyam root rot disease
Notice bibliographique
Résumé
AIM: Development of a PCR-RFLP assay that could reliably distinguish strains of Pythium myriotylum that are pathogenic to cocoyam from nonpathogens, as well as in planta detection of the pathogen. METHODS AND RESULTS: Sequences of the internal transcribed spacer regions of nuclear ribosomal DNA (rDNA-ITS) containing ITS1 and ITS2 of P. myriotylum isolates from cocoyam and other hosts were aligned and a restriction map was generated. rDNA-ITS alignment report revealed a new single nucleotide polymorphism (SNP; thymine/cytosine) downstream to previously published SNP (guanine/adenine) between isolates of P. myriotylum that are pathogenic to cocoyam and nonpathogenic strains. This new SNP is within the restriction site of the endonuclease AarI. Based on this SNP, a PCR-RFLP assay was developed for specific detection of P. myriotylum. The PCR amplicons of all isolates of P. myriotylum that infect cocoyam were cleaved by AarI, resulting to two bands (600/400 bp); but those from other hosts showed a single band (1000 bp), confirming the presence and specificity of the AarI restriction site. Also, the assay was effective in in planta detection of the pathogen on infected cocoyam roots without prior isolation of a pure culture. CONCLUSION: A PCR-RFLP method was developed that differentiates isolates of P. myriotylum that are pathogenic to cocoyam from nonpathogens as well as from other fungi commonly found in the cocoyam rhizosphere. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: Early and rapid detection of the pathogen could be of great importance in certifying planting materials as disease-free, enhancing sustainable management practices and limiting economic losses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».