Major Change in the Predominant Type of “Norwalk-Like Viruses” in Outbreaks of Acute Nonbacterial Gastroenteritis in Osaka City, Japan, between April 1996 and March 1999
Notice bibliographique
Résumé
In Osaka City, Japan, between April 1996 and March 1999, a total of 350 fecal specimens from 64 outbreaks of acute nonbacterial gastroenteritis were examined to investigate infection by "Norwalk-like viruses" (NLVs). By reverse transcription (RT)-PCR, 182 samples (52.0%) from 47 outbreaks (73.4%) were NLV positive. During those three years, the incidence of NLV-associated outbreaks showed seasonality, being higher during January to March (winter to early spring). The ingestion of contaminated oysters was the most common transmission mode (42.6%). The amplicons of the 47 outbreak strains that were NLV positive by RT-PCR were tested using Southern hybridization with four probe sets (Ando et al., J. Clin. Microbiol. 33:64-71, 1995). Forty of the outbreak strains were classified as 4 probe 1-A (P1-A) strains, 6 P1-B strains, 10 P2-A strains, 17 P2-B strains, and 3 untypeable strains, and the other 7 outbreaks were determined to be mixed-probe-type strains. Probe typing and partial sequence analysis of the outbreak strains indicated that a predominant probe type of NLVs in Osaka City had drastically changed; P2-B strains (77.8%) with multiple genetic clusters were observed during the 1996-97 season, the P2-A common strain (81.3%) related to the Toronto virus cluster was observed during the 1997-98 season, and P1-B strains (75.0%) with a genetic similarity were observed during the 1998-99 season. For the three untypeable outbreak strains (96065, 97024, and 98026), the 98026 outbreak strain had Southampton virus (SOV)-like sequences, and each of the other outbreak strains had a unique 81-nucleotide sequence. Newly designed probes (SOV probe for the 98026 outbreak strain and the 96065 probe for the 96065 and 97024 outbreak strains) were hybridized with relative strains and without other probe type strains. The prevalent NLV probe types in Osaka City during those three years were classified in six phylogenetic groups: P1-A, P1-B, P2-A, P2-B, SOV, and 96065 probe types.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».