Systematic meta-analyses and field synopsis of genetic association studies in colorectal adenomas
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Low penetrance genetic variants, primarily single nucleotide polymorphisms, have substantial influence on colorectal cancer (CRC) susceptibility. Most CRCs develop from colorectal adenomas (CRA). Here we report the first comprehensive field synopsis that catalogues all genetic association studies on CRA, with a parallel online database [http://www.chs.med.ed.ac.uk/CRAgene/]. METHODS: We performed a systematic review, reviewing 9750 titles, and then extracted data from 130 publications reporting on 181 polymorphisms in 74 genes. We conducted meta-analyses to derive summary effect estimates for 37 polymorphisms in 26 genes. We applied the Venice criteria and Bayesian False Discovery Probability (BFDP) to assess the levels of the credibility of associations. RESULTS: We considered the association with the rs6983267 variant at 8q24 as 'highly credible', reaching genome-wide statistical significance in at least one meta-analysis model. We identified 'less credible' associations (higher heterogeneity, lower statistical power, BFDP > 0.02) with a further four variants of four independent genes: MTHFR c.677C>T p.A222V (rs1801133), TP53 c.215C>G p.R72P (rs1042522), NQO1 c.559C>T p.P187S (rs1800566), and NAT1 alleles imputed as fast acetylator genotypes. For the remaining 32 variants of 22 genes for which positive associations with CRA risk have been previously reported, the meta-analyses revealed no credible evidence to support these as true associations. CONCLUSIONS: The limited number of credible associations between low penetrance genetic variants and CRA reflects the lower volume of evidence and associated lack of statistical power to detect associations of the magnitude typically observed for genetic variants and chronic diseases. The CRA gene database provides context for CRA genetic association data and will help inform future research directions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,043 | 0,139 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,010 | 0,011 |
| Bibliométrie | 0,025 | 0,018 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».