P105-T Peptide Sequence Validation using Retention Time Information
Notice bibliographique
Résumé
The increasing number of MS/MS spectra, generated by new mass spectrometers with fast scanning (LTQ, ThermoElectron, etc.), requires better and more robust spectra filtering. Retention time is one of the important peptide characteristics, but it is not used very often with the aim of peptide sequence validation. Here, we present an approach to filter Mascot (Matrixscience) search results on the basis of comparison of experimental retention times with predicted ones. Proteins were digested in-gel or in-solution with trypsin according to conventional protocols. Resulting peptide mixtures were analyzed on line with an LC-MS system (HP 1100 Nanoflow HPLC [Agilent] and LTQ Mass Spectrometer [ThermoElectron]). Peptides were separated on custom-packed 75-μm i.d., 10-cm-long PicoTip columns (New Objective) packed with 3.5-μm C18 beads (Pursuit, Varian). The column effluent was sprayed directly into the transfer tube of the mass spectrometer. The Sequence Specific Retention Calculator (http://hs2.proteome.ca/SSRCalc/SSRCalc.html) was used for calculation of peptide relative hydrophobicities. This program uses a refined model for determination of hydrophobicity, presented recently by Oleg Krokhin (University of Manitoba). Two columns are automatically added to the standard Mascot peptide summary page: scan number (reflecting retention time) and relative hydrophobicity. The plot of scan number vs. hydrophobicity is also created. The linear regression could be calculated with a subset of “good peptides” (having high Mascot score, e.g., >50). Based on this regression, predicted scan numbers could be identified. The rest of the peptides (with score <50) are tested, and sequences with scan numbers too far from predicted are rejected as false-positive hits. The algorithm was trained on standard digests such as BSA, and is now applicable to any LC-MS Mascot search results. Rejected hits were confirmed by manual inspection of MS/MS files. It appeared that this script is especially useful for validation of singly charged peptides, which often give fragmentation spectra of poor quality.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».