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Enregistrement W1733843774 · doi:10.1139/bcb-2014-0104

Identification of transcription factors involved in the transcriptional regulation of the CXCL12 gene in rat pancreatic insulinoma Rin-5F cell line

2014· article· en· W1733843774 sur OpenAlexvenueno aff
Jelena Marković, Aleksandra Uskoković, Nevena Grdović, Svetlana Dinić, Mirjana Mihailović, Jelena Arambašić Јovanović, Goran Poznanović, Melita Vidaković

Notice bibliographique

RevueBiochemistry and Cell Biology · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePancreatic function and diabetes
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChromatin immunoprecipitationYY1Transcription factorBiologyCell biologyImmunoprecipitationMolecular biologyChromatinCell cultureElectrophoretic mobility shift assayPromoterCancer researchGene expressionGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Diabetes is characterized by a deficit in the number of functional pancreatic β-cells. Understanding the mechanisms that stimulate neogenesis of β-cells should contribute to improved maintenance of β-cell mass. Chemokine CXCL12 has recently become established as a novel β-cell growth factor, however the mechanisms controlling its expression require clarification. We investigated the proteins involved in the transcriptional regulation of the rat β-cell CXCL12 gene (Cxcl12). Using the electrophoretic mobility shift assay and chromatin immunoprecipitation, we established the in vitro and in vivo binding of C/EBPβ, C/EBPα, STAT3, p53, FOXO3a, and HMG I/Y to the Cxcl12 promoter. Co-immunoprecipitation experiments revealed protein-protein interactions between YY1 and PARP-1, FOXO3a and PARP-1, Sp1 and PARP-1, p53 and PARP-1, C/EBPβ and PARP-1, YY1 and p53, YY1 and FOXO3a, p53 and FOXO3a, Sp1 and FOXO3a, C/EBPβ and FOXO3a, C/EBPα and FOXO3a, Sp1 and STAT3. Our data lay the foundation for research into the interplay of signaling pathways that determine the β-cell Cxcl12 expression profile.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,218
Écart entre enseignants0,204 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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