Assessment of MALDI-TOF MS as Alternative Tool for Streptococcus suis Identification
Notice bibliographique
Résumé
The accuracy of matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) for identifying Streptococcus suis isolates obtained from pigs, wild animals, and humans was evaluated using a PCR-based identification assay as the gold standard. In addition, MALDI-TOF MS was compared with the commercial multi-tests Rapid ID 32 STREP system. From the 129 S. suis isolates included in the study and identified by the molecular method, only 31 isolates (24.03%) had score values ≥2.300 and 79 isolates (61.24%) gave score values between 2.299 and 2.000. After updating the currently available S. suis MALDI Biotyper database with the spectra of three additional clinical isolates of serotypes 2, 7, and 9, most isolates had statistically significant higher score values (mean score: 2.65) than those obtained using the original database (mean score: 2.182). Considering the results of the present study, we suggest using a less restrictive threshold score of ≥2.000 for reliable species identification of S. suis. According to this cut-off value, a total of 125 S. suis isolates (96.9%) were correctly identified using the updated database. These data indicate an excellent performance of MALDI-TOF MS for the identification of S. suis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».