Discovery of prognostic and predictive tissue biomarkers in patients with resectable esophageal cancer.
Notice bibliographique
Résumé
45 Background: Patients with operable esophageal adenocarcinoma have a poor prognosis (median survival <2 years). We aimed to discover novel prognostic and predictive biomarkers to be validated as tools for patient selection for optimal neo-adjuvant therapy. Methods: Protein levels of XPF, MUS81, Cyclins A, B1, D1 and E, and Ki67 were assessed by retrospective immunohistochemical analysis of baseline tumor biopsy samples from 3 groups of patients with operable esophageal adenocarcinoma: surgery alone (N=54), 2 cycles of cisplatin-fluorouracil chemotherapy followed by surgery (N=46), and 2 cycles of oxaliplatin-fluorouracil chemotherapy (N=38). Expression of 48,803 genes was studied by Illumina HT-12 chip array followed by functional pathway analysis in oxaliplatin-treated patients before and after chemotherapy (N=38). Results were tested for association with pathological response (Mandard regression grading) (Chi-square test), disease free survival (DFS) and overall survival (OS) (Wilcoxon test). Results: High Ki67 protein levels were associated with worse OS (P=0.034; N=93). None of the markers were predictive of clinical endpoints following cisplatin chemotherapy. In oxaliplatin-treated patients (N=38), functional pathway analysis revealed associations between overexpression of cell cycle/DNA repair genes at baseline and worse clinical outcomes. Expression of 15 DNA repair (DNAR) genes was associated with DFS, and 16 DNAR genes with OS. Expression of 21 DNAR genes significantly increased after chemotherapy. Gene expression associations were validated at the protein level: high MUS81 at baseline predicted poor DFS (P=0.036) and poor OS (P=0.015) following oxaliplatin therapy; high XPF expression was associated with lack of pathological response (P=0.032); high Cyclin B1 predicted poor DFS (P=0.017). XPF protein levels increased following oxaliplatin (P=0.001, paired t-test). Conclusions: By confirmation of mRNA findings at the protein level, XPF, MUS81, and Cyclin B1 have been discovered as predictive biomarkers for response to oxaliplatin chemotherapy that merit prospective validation as tools for patient selection. Funded by Oxford NIHR Biomedical Research Centre and ECMC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».