Genomic distribution of MITEs in barley determined by MITE-AFLP mapping
Notice bibliographique
Résumé
Miniature inverted-repeat transposable elements (MITEs) represent a large superfamily of transposons that are moderately to highly repetitive and frequently found near or within plant genes. To elucidate the organization of MITEs in the barley genome, MITEs were integrated into the genetic map of barley. In this report, we describe the use of MITEs in amplified fragment length polymorphism (AFLP) mapping, and demonstrate their superiority over conventional AFLP mapping. Barley MITEs include members of the Stowaway, Barfly, and Pangrangja families. By amplifying the flanking sequences of these MITEs, a total of 214 loci were mapped from a population of 93 doubled-haploid segregating individuals between Hordeum vulgare ssp. vulgare and H. vulgare ssp. spontaneum. The 214 MITE-AFLP and 40 anchor simple sequence repeat (SSR) loci were distributed on 7 linkage groups, covering a total map distance of 1 165 cM. The average marker density on each chromosome ranged between 3.4 and 9.6 cM per locus. Only 1 MITE-based locus was frequently found to be associated with MITE loci from the same family, resulting in clusters in chromosomal subregions. In barley, it will be possible to cover the entire genome with a limited set of MITE-based primers and to build highly dense maps of specific regions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».