Recovery and evolutionary analysis of complete integron gene cassette arrays from Vibrio
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Integrons are genetic elements capable of the acquisition, rearrangement and expression of genes contained in gene cassettes. Gene cassettes generally consist of a promoterless gene associated with a recombination site known as a 59-base element (59-be). Multiple insertion events can lead to the assembly of large integron-associated cassette arrays. The most striking examples are found in Vibrio, where such cassette arrays are widespread and can range from 30 kb to 150 kb. Besides those found in completely sequenced genomes, no such array has yet been recovered in its entirety. We describe an approach to systematically isolate, sequence and annotate large integron gene cassette arrays from bacterial strains. RESULTS: The complete Vibrio sp. DAT722 integron cassette array was determined through the streamlined approach described here. To place it in an evolutionary context, we compare the DAT722 array to known vibrio arrays and performed phylogenetic analyses for all of its components (integrase, 59-be sites, gene cassette encoded genes). It differs extensively in terms of genomic context as well as gene cassette content and organization. The phylogenetic tree of the 59-be sites collectively found in the Vibrio gene cassette pool suggests frequent transfer of cassettes within and between Vibrio species, with slower transfer rates between more phylogenetically distant relatives. We also identify multiple cases where non-integron chromosomal genes seem to have been assembled into gene cassettes and others where cassettes have been inserted into chromosomal locations outside integrons. CONCLUSION: Our systematic approach greatly facilitates the isolation and annotation of large integrons gene cassette arrays. Comparative analysis of the Vibrio sp. DAT722 integron obtained through this approach to those found in other vibrios confirms the role of this genetic element in promoting lateral gene transfer and suggests a high rate of gene gain/loss relative to most other loci on vibrio chromosomes. We identify a relationship between the phylogenetic distance separating two species and the rate at which they exchange gene cassettes, interactions between the non-mobile portion of bacterial genomes and the vibrio gene cassette pool as well as intragenomic translocation events of integrons in vibrios.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».